Nam kỳ thuộc địa, từ Hiệp ước Nhâm Tuất đến Giáp Tuất: Nam kỳ thuộc địa và sự ra đời chính quyền dân sự
Nam Kỳ lục tỉnh trở thành thuộc địa của Pháp
Sau cái chết của Francis Garnier, Philastre tiếp quản và trực tiếp xử lý sự việc rối ren ở Bắc kỳ, gấp rút đưa ra những quyết định khó khăn nhằm giải quyết hậu quả do Garnier manh động gây ra. Philastre hạ lệnh cho quân Pháp rút khỏi thành Hải Dương cuối tháng 12.1873, ký với Nguyễn Văn Tường bản thỏa hiệp ngày 5.1.1874 với nội dung rút quân khỏi Nam Định và Ninh Bình. Một bản thỏa hiệp khác được ký ngày 6.2.1874 về việc trả thành Hà Nội cho phía Đại Nam, ngày 12.2 phần lớn quân Pháp rút lui về Hải Phòng. Ngày 16.2, Philastre cùng Nguyễn Văn Tường lên tàu trở về Sài Gòn để chuẩn bị cho việc ký kết hiệp ước mới.
Bấy giờ, Hiệp ước 1862 mất hiệu lực, cộng thêm tình hình rối rắm ở Bắc kỳ sau sự cố Francis Garnier buộc triều đình Huế chấp nhận ký với phía Pháp một hiệp ước mới, còn gọi là Hiệp ước Giáp Tuất (1874) hoặc Hiệp ước Philastre. Hiệp ước chính trị này hình thành trên những thỏa thuận giữa đại diện phía Pháp là thông ngôn Philastre và đại diện phía triều đình Huế là Lê Tuấn và Nguyễn Văn Tường; được Dupré, Lê Tuấn và Nguyễn Văn Tường đặt bút ký ngày 15.3.1874 và bổ sung một hiệp ước thương mại khác ngày 31.8.1874 do Thống soái mới là Krantz đàm phán với Nguyễn Văn Tường.
Hiệp ước Giáp Tuất (22 điều) buộc triều đình Huế công nhận chủ quyền của Pháp tại Nam kỳ lục tỉnh, Pháp miễn cho Đại Nam khoản bồi thường chiến phí chưa trả (theo nội dung Hiệp ước 1862) là những điều khoản quan trọng. Ngoài ra còn có các nội dung về tự do tôn giáo, tự do hành đạo; tự do đi lại và thông thương trên thủy lộ sông Hồng; ba thương khẩu là Hà Nội, Ninh Hải (tỉnh Hải Dương) và Thị Nại (tỉnh Bình Định) được mở ra cho mậu dịch quốc tế, cho đặt thương điếm tại đây…; nước Pháp được phép thiết lập cơ sở ngoại giao do một đại biện lâm thời (Chargé d’affaires) người Pháp đứng đầu tòa Trú sứ đặt tại kinh đô Huế, ngược lại phía Đại Nam cũng đặt một lãnh sự ở Sài Gòn.
Mặt khác, điều khoản về vấn đề ngoại giao cũng buộc chính sách đối ngoại của Đại Nam phải phù hợp với chính sách ngoại giao của Pháp, tức gián tiếp hủy bỏ quan hệ lệ thuộc trước đó giữa triều đình Huế và nhà Thanh nhằm tách chư hầu Đại Nam khỏi ảnh hưởng của Trung Hoa.
Hệ thống chính trị độc đoán ở soái phủ Nam kỳ
Giai đoạn cầm quyền của giới quân sự Pháp ở Nam kỳ kéo dài đến năm 1879 mới kết thúc, với sự xuất hiện của thống đốc dân sự đầu tiên là Charles Marie Le Myre de Vilers ngày 14.5.1879, thay thế cho Thống soái Lafont.
Gần 20 năm (1861 – 1879), Nam kỳ nằm dưới quyền cai trị trực tiếp của giới quân sự Pháp, điều này được lý giải một phần bởi từ khi tiến hành cuộc xâm lược vương quốc Đại Nam cho đến lúc đó, người Pháp luôn phải đối mặt với những cuộc phản kháng của quân và dân Nam kỳ. Trong bối cảnh đó, duy trì một chính quyền quân sự tạm thời ở Nam kỳ là điều cần thiết đối với chính phủ Pháp để đảm bảo trị an cũng như phục vụ kế hoạch bành trướng. Tuy nhiên, vì tồn tại quá lâu do công cuộc xâm chiếm Đại Nam kéo dài, vì thống soái Nam kỳ được giao trọn quyền hành, vì xa chính quốc… nên chính quyền Nam kỳ cũng bộc lộ không ít hạn chế.
Vì hiểu biết về Nam kỳ khiêm tốn nên Vilers dành khá nhiều thời gian để quan sát, phân tích và khảo sát nhằm tiến tới cuộc cải cách chính trị, tư pháp và hành chính ở Nam kỳ. Hệ thống chính trị độc đoán thời chính quyền quân sự hiện ra trước mắt Vilers, vị thống đốc Nam kỳ ngạc nhiên khi thấy rằng thống soái Nam kỳ dù được hỗ trợ bởi một hội đồng tư mật nhưng thực tế nắm toàn quyền trên phương diện tài chính, tư pháp và hành chính, rằng ông ta không bị kiểm soát bởi bất kỳ ai, kể cả báo chí bởi vì ở thuộc địa không có tự do báo chí. Ở Nam kỳ, không tồn tại các cơ quan dân cử ngoại trừ Tòa án thương mại và Hội đồng thành phố Sài Gòn, tất cả quyền lực đều bị nhầm lẫn… (Prosper Cultru, Histoire de la Cochinchine française: des origines à 1883 – Lịch sử Nam kỳ thuộc Pháp: từ sơ khởi đến năm 1883, Paris, 1910, tr.323).
Vilers cho rằng thống soái Nam kỳ tự làm luật và nắm quyền quyết định mọi thứ, hệ thống quân sự ban đầu được duy trì và bào chữa vì lý do an ninh nhưng những sai sót kéo dài ở Nam kỳ là do không có ai giám sát hệ thống quyền hành này. Phân nhánh quyền lực là điều đầu tiên Vilers muốn tiến hành trong cuộc cải cách chính trị do ông chủ trương, kết quả bước đầu là sự ra đời của Hội đồng Quản hạt Nam kỳ (Conseil Colonial de la Cochinchine) theo sắc lệnh ngày 8.2.1880 do Tổng thống Pháp Jules Grévy ký. Tiếp theo đó là những cải cách hành chính, tư pháp… Kể từ thời Thống đốc dân sự Vilers, người Pháp đã thực hiện triệt để chính sách đồng hóa người bản xứ, mở ra một chương mới trong lịch sử Nam kỳ thuộc Pháp.
Về phía Đại Nam, một số cơ hội cứu vãn tình hình đã lần lượt trôi qua trước mắt vua quan nhà Nguyễn, cả khách quan và chủ quan. Từ Hiệp ước Nhâm Tuất (1862) đến Hiệp ước Giáp Tuất (1874) là sự thụ động tuyệt đối và bất lực của triều đình Huế, toàn bộ Nam kỳ lục tỉnh của Đại Nam chính thức trở thành thuộc địa của người Pháp.